Ha pedig ez még nem lett volna elég a normál Tokió metró szerelvények is megállnak itt az egész állomás legalján kelet-nyugati irányba találhatóak a peronok. Így már nem is olyan nehéz elképzelni miért használja naponta majd 4 millió ember az állomást. Természetesen az állomáshoz a peronok alatt húzódó 2 alul és 2 felüljárón túl hatalmas aluljáró rendszer tartozik, amikben a környező utcák alatt akár 2 utcányira is eljuthatunk a pályaudvartól. Ha ez még mindig nem lenne elég, a vasútállomás területén 8db áruház is helyet kapott, ezek mindegyike elérhető az aluljáró rendszerből. A helyiek szerint, az embert ha csak kiteszik valahol a Shinjuku állomáson nem tudja, hogy hol van, annyira bonyolult. A képet tovább bonyolítja hogy a nagyáruházakon túl rengeteg kis üzlet is található itt, ezek egy része a peronzáron belül.
A baloldali képen jól látszik mennyire szerteágazó az egész. A halványlila szín jelöli azt a részét az állomásnak ahová jegyváltás nélkül beléphetünk. Mint látszik, a környező utcákról bárhonnan bejuthatunk az állomásra, mivel annak összesen 8 különböző kijárata van. Némelyik a felszín felett, némelyik csak a környező utcák aluljáróiba torkollik.
Aki reptérről (Narita) közvetlenül Shinjukuba kíván jutni, annak a reptérről induló Rapid vonatról (ami a Subo vonalon a reptértől Chiba-n át Tokyo-ig közlekedik) Kinshicho állomáson kell leszállni ahonnan pedig Chuo Sobu vonalon folytathatja az útját Shinjuku-ig. A vonat a 16. vágányon áll meg, sok sikert az állomásról kijutáshoz :)